百余国: more than a hundred countries

百余国ひゃくよこくに分わかれていた

was divided into more than a hundred countries

その中そのなかの地理志ちりしには、倭人わじんは百余国ひゃくよこくに分わかれている、と書かかれています。

The geography section (chirishi) in it says that the Wajin were divided into more than a hundred countries.

百余国ひゃくよこくとは、百ひゃくあまりのクニという意味いみです。

Hyakuyokoku means "a little over a hundred kuni".